小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
天月满（今村彩夏 配音）是只身一人从老家来到大都市东京工作生活的女孩，入住了女性专属的合租房“Stella House春野”，在这里，小满很快就结识了一帮个性迥异的房客们。 个性开朗但身世神秘的桐山直（安济知佳 配音）、温文尔雅对一切都考虑的十分周到的绿川香枝（小松未可子 配音）、 阿直的妹妹，拥有着美丽外貌和意外成熟的性格的桐山真（内田真礼 配音），每天下班之后，这些可爱的女孩子们便会聚在一起，拿出她们各自亲睐的美酒，合着小菜佳肴，相互打趣吐槽，舒展劳累了一天的压力。作为对酒品尚处于懵懂的摸索阶段的小满也加入其中。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
桃夭、柳公子、磨牙、滚滚一行为了寻找失踪的百妖谱，开启了在洛阳城的探险。期间遇到了绛君、咸鼠、佛眼、玄狏、婴源、人渠、狭怪以及智斗大BOSS百妖谱。
