上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
正当一个新的建筑项目在一个社区周边启动时，居住在附近的一群小伙伴们不约而同的收到了奇怪的神秘信息。黑夜中不断有奇怪的声音发出，是坏蛋？还是外星访客？…于是，在好奇心的驱使下，一场探险之旅由此展开！
一个单身父亲和两个女人从家中的安全地带冒险面对可怕的生物，以挽救一个小男孩的生命。
小男孩尼克（胡里奥·博希加斯 Julio Bohigas-Couto 饰）在一个风雨交加的夜晚目睹了邻居安吉尔（哈维尔·古铁雷斯 Javier Gutiérrez 饰）杀害自己妻子的场面。在和安吉尔的追逐之中，一辆车将尼克撞倒，导致了他的死亡。一晃眼多年过去，薇拉（阿德丽安娜·尤加特 Adriana Ugarte 饰）和丈夫大卫（阿尔瓦罗·莫奇 álvaro Morte 饰）带着他们的女儿住进了尼克曾经居住过的房子。 有一个电闪雷鸣的夜晚，薇拉意外的在电视里看到了尼克，让薇拉感到震惊的是，自己似乎能够通过电视和25年前的尼克对话。在薇拉的告诫之下，尼克免于一死，但过去的改变也牵连着薇拉的生活发生了巨变。大卫不再是薇拉的丈夫，而他们的女儿自然也不复存在。
